In sintonia con la struttura multicampus d'Ateneo, il Dipartimento svolge le proprie attività all'interno di diverse sedie basi operative collegate in rete telematica. Sono sedi istituzionali quelle di Bologna e di Ravenna; sono sedi operative quelle di Monterenzio, Acquaviva Picena e Samarcanda.
Il coordinamento logistico dell'organizzazione delle diverse strutture e delle relative aree funzionali è assegnato al Network Archeologico di Ricerca dipartimentale (Nadir). Di questo ogni sede rappresenta un nodo, codificato all'interno della rete telematica e della cartellonistica dalla relativa sigla (es. ArBo = Archeologia Bologna).